sys-libs/pam-0.99.7.1

Your current setup is using the pam_stack module.
This module is deprecated and no more supported, and since version
0.99 is no more installed, nor provided by any other package.
The package will be built (to allow binary package builds), but will
not be installed.
Please replace pam_stack usage with proper include directive usage,
following the PAM Upgrade guide at the following URL
  http://www.gentoo.org/proj/en/base/pam/upgrade-0.99.xml

わけわからん。とりあえず URL を見る。英語が分からないのが泣けてくるが、設定ファイルの修正が必要っぽい。.ebuild を見てみると、なるほど /etc/pam.d/ の下を fgrep "pam_stack" でチェックしている。URL 先が示すように修正して再度 emerge してOK。