dev-java/swt
まさにこれ。この問題。
http://overlays.gentoo.org/proj/java/wiki/Common_Problems#Cantfinddependencyforgtdevjava/blackdownjdk1.5
ここに書いてある通り
>java-check-environment virtual_provides
として、出力されたメッセージ通り
>rm -i /var/db/pkg/dev-java/blackdown-jdk-1.4.2.03-r12/PROVIDE
とした。
blackdown-jdk が Freeware/OpenSource じゃないので portage から除外する方向なのかな?